En diciembre de 1824 solicitó el retiro a Simón Bolívar, quien se lo concedió con el grado de coronel. Regresó a Buenos Aires y participó en las luchas civiles junto al Gral. Lavalle. Por sus desavenencias con la política de Rosas (de quien era primo segundo) se retiró de la vida militar, exiliándose en Montevideo.

Una amistad más allá de la muerte

Los coroneles Manuel Isidoro Suárez y José Valentín de Olavarría lucharon juntos en muchos combates. Como inmortalizando esa amistad que los unía, tras fallecer ambos en Montevideo, sus cenizas fueron mezcladas.

Llegaron a Buenos Aires el 30 de septiembre de 1877, siendo depositadas en el Cementerio de La Recoleta en el mausoleo de la familia Suárez. El traslado se realizó en un buque de la Armada Argentina, enviado por el presidente de la República.

La Revolución de Lavalle y el nombre de Junín

Apoyó la revolución del 1 de diciembre de 1828 dirigida por Juan Lavalle. En febrero de 1829 derrotó al mayor Manuel Mesa y al caudillo Molina en la batalla de Las Palmitas.

En su honor, el gobernador delegado Guillermo Brown llamó al cercano Fuerte Federación con el nombre de Junín. La "Cañada de Las Palmitas", lugar de la batalla, se halla ubicada a unos 20 kilómetros de la ciudad de Pergamino (actualmente Arroyo Pergamino).

De este modo se relaciona al héroe de la batalla de Junín con los episodios de estos pagos, dando origen a la denominación actual de la vecina ciudad.